密西西比麝香龟体型比较小,是蛋龟品种里最小的一种,即便是这样,它依然非常凶猛,是个典型的小个子有大脾气。
密西西比麝香龟体长7.6-13.7 cm。这是一种性情活泼易怒的小型水龟,头部有两条浅色的条纹,下颚和喉部长有触须。背甲光滑,或者有三条棱突,高隆而修长,没有锯齿;颜色棕橄榄色至深灰色,常常因披覆着一层藻类而显得模糊不清。幼体的背甲上长有棱突和图案,这些图案为不规则的条纹或斑点,颜色深暗。
腹甲较小,有十一枚盾片和一个不怎么明显的铰链关节。雄性尾部的末端,有一个角状的硬质钉突;而后肢的内侧则缀有2小枚翘起的鳞片。雌性的尾部很短,末端形成一个锐利的尖角。