1.申请小作坊食品生产许可证时，首先要办理公司登记，申办个体工商户的营业执照，并准备必要的设备、仪器。然后向当地的质监局提出申请，质监局受理申请后，将会派人到现场审核，并对食品进行抽检。检验合格的样品后，质监局就会发放食品生产许可证。
2.法律依据：《食品流通许可证管理办》第十条 申请领取《食品流通许可》，应当提交下列材料：《食品流通许可申请书》；《名称预先核准通知书》复印件；与食品经营相适应的经营场所的使用证明；负责人及食品安全管理人员的身份证明；与食品经营相适应的经营设备、工具清单；与食品经营相适应的经营设施空间布局和操作流程的文件；食品安全管理制度文本；省、自治区、直辖市工商行政管理局规定的其他材料。申请人委托他人提出许可申请的，委托代理人应当提交委托书以及委托代理人或者指定代表的身份证明。