高新技术企业认定每年进行三次集中申报和审批，申报时间为三月、六月、九月第一个工作日至第十个工作日。审批期限为45个工作日。
高新技术企业的申请和认定按下列程序进行：
(一)企业网上填报《深圳市高新技术企业认定申请书》。
(二)市民中心办文窗口初审通过后，由市科技主管部门和市财政主管部门委托深圳市科技专家委员会组织专家对申报企业进行评审，提出认定意见。
(三)市科技主管部门和市财政主管部门对评审通过的企业进行会审，会审通过的企业名单进行网上公示，公示期为5个工作日。对公示有异议的，组织相关机构进行调查后给出相应结论。
(四)审批通过后由市科技主管部门和市财政部门颁发《深圳市高新技术企业认定证书》。