1、分居三年不算是自动离婚。法律上没有自动离婚一规定，离婚分为协议离婚和起诉离婚。协议离婚的，夫妻双方达成离婚意见，亲自去民政局办理离婚手续即可。诉讼离婚的，需要原告携带本人的身份证，结婚证，起诉状等其他离婚材料去到被告所在的人民法院进行起诉。
2、法律依据：《民法典》
第一千零七十六条， 夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。
离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。
第一千零八十条 ，完成离婚登记，或者离婚判决书、调解书生效，即解除婚姻关系。