1、根据建设部的有关规定要求，施工合同要到建设部规定的主管部门进行备案，而补充协议作为施工合同的组成部分也应该到相应的主管部门备案。虽然建设部的规定要求并不属于法律要求，但为了尽可能的保障合同的法律效力和双方的合法权益，最好将施工合同补充协议也进行备案。
2、施工合同协议应该包含一下几项内容，甲乙双方的名称、施工的内容及施工、施工方式、施工工程价款的支付方式、施工期限、工程计价和结算、违约责任以及其他事项。其中一般是在施工内容及范围，价款的支付方式和计价结算方式这三个部分，针对原施工合同作出修改和补充。