纳税人少缴了税款处理如下：情节轻微未构成犯罪的，由税务机关追缴其少缴的税款、滞纳金，并处少缴税款一倍以上五倍以下的罚款；情节严重构成犯罪的，依法追究刑事责任。
法律依据
《税收征收管理法》第六十五条
纳税人欠缴应纳税款，采取转移或者隐匿财产的手段，妨碍税务机关追缴欠缴的税款的，由税务机关追缴欠缴的税款、滞纳金，并处欠缴税款百分之五十以上五倍以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
第六十八条
纳税人、扣缴义务人在规定期限内不缴或者少缴应纳或者应解缴的税款，经税务机关责令限期缴纳，逾期仍未缴纳的，税务机关除依照本法第四十条的规定采取强制执行措施追缴其不缴或者少缴的税款外，可以处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款。