1、它们制作的机关是不相同的。房产证的监制机关为住房和城乡建设局，而房屋产权登记证的监制机关是国土资源局。所以我们在使用不同的证书要到相应的部门，这样才能帮您解决相应的问题。
2、权证编号不同。房产证在发放的时候包括两个不同的编号，分别是房屋的所有权证号和建房注册号。而房屋产权登记证包括不动产权编号和证书编号。
3、标注产权信息不同。房产证证书里需要写明房屋的持有人、共有情况、登记时间、房屋性质、房屋状况、规划用途、土地状况和房屋地点。其中房屋状况包括房屋的面积、房屋层数等等。土地状况包括房屋土地的取得方式和使用年限，信息非常的多而且繁杂。
而房屋产权登记证只需要标明权利人、位置、单元号、用途、权利性质和类型以及使用期限利其它状况等，想比较而言简单了不少，但是持有者的权利还是一样的。
4、房产证需要各地人民政府的公章，而房屋产权登记证需要的是登记单位的公章。房产证是以人民政府为主要承担对象的，而不动产登记证变为了登记机构，不在由人民政府承担相关事项，所以现在的不动产直接盖上登记机构的章就可以了。
5、一个是登记证明，一个是拥有权证明。房产证才是真正代表房屋所有权的
