2、土地承包经营权中的各项权利为法定权利，不得随意变更。而合同权利依双方当事人约定，难以避免因发包人违反合同等行为对土地承包经营权造成侵害。
3、土地承包经营权作为用益物权，期限较长.比较稳定。而合同的期限一般较短也容易发生变化。
4、承包人作为用益物权人，可以对抗发包人的侵害，土地承包经营权不能被任意剥夺，承包地被违法收回后，可以要求返还。而合同有可能随意解除，承包地被违法收回的，承包人虽有可能获得金钱赔偿，但返还承包地并不必然。
5、承包人可以以用益物权人的地位直接对抗第三人的侵害，包括政府的违法干预。比如，承包人可以据此抵 制“一乡一品”等干预经营自主权的政府决定。
6、承包人依用益物权享有自主将土地承包经营权流转的权利基础，任何人不得强迫或者阻碍。而依合同关系难以形成流转的基础，而且往往受到对方的限制。
7、在征地补偿时，承包人可以作为独立的权利主体，土地承包经营权可以作为独立的财产权利获得相应的补偿，而不是仅作为合同一方当事人被忽视。
