1、选择产权调换的被征收人对于产权调换房的位置、户型、周边环境等的要求可能不能完全按照自己的意愿，因为产权调换房通常都是由政府选址、设计和建造。而货币补偿，被征收人就可以完全按照自己的喜好选择房屋；
2、产权调换可能存在未来出现纠纷的风险，比如房屋没有按时交付、房屋不能登记、房屋质量有问题、房屋面积与约定不符等等。因为产权调换的很多房屋是期房；
3、产权调换在过渡期的费用承担问题。《征补条例》明确规定“产权调换房屋交付前，房屋征收部门应当向被征收人支付临时安置费或者提供周转用房”，但是在实践中常常有安置费偏低，不足以支付生活所需或者是不能按时发放。如果面临迟迟不能交房关于延期交房所需的安置费支付可能会有争议。