电子商业汇票系统营运者暂不对接入电子商业汇票系统的机构收取费用。电子商业汇票提示付款、贴现、转贴现和再贴现业务如选择票款对付（DVP）方式且清算成功，大额支付系统向被借记方按每笔5.5元收取费用，不对被贷记方收费。
银行承兑汇票需要收费用。一般会收取购买承兑申请书以及承兑汇票的工本费，还有票面金额万分之五的手续费。
公司要接收电子承兑汇票，
第一，公司必须开通企业网银（企业网银国有大行每年年费1千左右，小的银行还有免费的），
第二，在企业网银的基础上再开通电子承兑汇票功能（开通这个功能要交年费的，像建行每年年费2万，别的银行不知道，不过也便宜不了）。
