1、房产存在纠纷一般不影响土地证的办理。申请人应当持申请书、身份证、户口本和土地权属来源证明到国土资源所申请，由国土资源所派员实地勘测，四邻指界，完善各种资料后，报国土资源局进行登记发证。
2、法律依据：
《土地管理法实施条例》第三条
国家依法对土地实行登记发证制度。依法登记的土地所有权和土地使用权受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。
《民法典》第二百一十条　
不动产登记，由不动产所在地的登记机构办理。
国家对不动产实行统一登记制度。统一登记的范围、登记机构和登记办法，由法律、行政法规规定。
第二百一十一条　
当事人申请登记，应当根据不同登记事项提供权属证明和不动产界址、面积等必要材料。