资产重组侧重资产关系的变化，而并购则侧重于股权、公司控制权的转移。对于公司来说，即使公司的控股权发生了变化，只要不发生资产的注入或剥离，公司所拥有的资产未发生变化，只是公司的所有权结构发生变化，发生了控股权的转移。例如，A公司收购了B公司的股权，取得了对B公司的控股地位后，可能用B公司的股权进行抵押融资，或利用B公司进行担保贷款，而B公司本身并没有重大资产收购或出售行为，那么，对A公司而言，其资产进行了重组，而对B公司而言，仅是更换了股东而已，可以称其被收购了，却与资产重组无关。
但是，资产重组与并购常常是交互发生的，先收购后重组，或先重组，再并购，再重组在资本运作中也是经常采用的方式。
《中华人民共和国公司法司法解释四》第八条 有证据证明股东存在下列情形之一的，人民法院应当认定股东有公司法第三十三条第二款规定的“不正当目的”：
（一）股东自营或者为他人经营与公司主营业务有实质性竞争关系业务的，但公司章程另有规定或者全体股东另有约定的除外；
（二）股东为了向他人通报有关信息查阅公司会计账簿，可能损害公司合法利益的；
（三）股东在向公司提出查阅请求之日前的三年内，曾通过查阅公司会计账簿，向他人通报有关信息损害公司合法利益的；
（四）股东有不正当目的的其他情形。
