1、医疗事故赔偿一般先由当事人就事故赔偿达成协商的，可以自行处理赔偿事宜，无需申请，但需要制作协议书。但如果当事人无法协商，申请调解的，应当向卫生行政部提交索赔申请书、个人身份证、病历本，就诊资料、住院资料等材料，提出赔偿申请，若起诉申请的，除前述材料外，还应当提交民事起诉状。
2、法律依据：《医疗事故处理条例》
第四十六条 发生医疗事故的赔偿等民事责任争议，医患双方可以协商解决；不愿意协商或者协商不成的，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，也可以直接向人民法院提起民事诉讼。