一、公司章程是公司必备文件，而公司设立协议则是任意性文件。
公司章程是我国公司法强制要求的公司必备文件。没有公司章程，公司就不能成立。
而除了外商投资企业要求有合同以及股份有限公司要求有发起人协议外，我国《公司法》并没有要求公司必须具有设立协议。
所以，对中小企业最常见的形态即普通的有限责任公司而言，公司设立协议是任意性文件，可有可无。但在现实生活中，投资者之间往往会先就成立公司事项签订一份公司设立协议。这是由于公司设立过程的不确定性所产生的。这种现实状况的存在，导致了投资者往往将公司设立协议视为成立公司最重要的事项，认为签好设立协议就万事大吉，剩下的只是手续问题了，这是一个极大的误区。
二、公司设立协议与公司章程的效力范围不同。
根据《公司法》的规定，公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员均具有约束力。也就是说，公司章程的作用范围包括股东、公司以及公司内部组织机构与人员。而公司设立协议仅仅是股东之间的任意性合同，需遵守合同相对性的原则，其作用范围仅限于签约的主体之间。
