1、如果身份证已更改为女性或者通过手术后完全具备女性特征的，应按强奸罪处罚。
2、如果属于双性人（例如变相手术没有完成），男性特征突出的，应当按强制猥亵罪处罚。
3、法律依据：《刑法》第二百三十六条以暴力、胁迫或者其他手段强奸妇女的，处三年以上十年以下有期徒刑。奸淫不满十四周岁的幼女的，以强奸论，从重处罚。强奸妇女、奸淫幼女，有下列情形之一的，处十年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑：
(一)强奸妇女、奸淫幼女情节恶劣的；
(二)强奸妇女、奸淫幼女多人的；A在公共场所当众强奸妇女的；
(四)二人以上轮奸的；
(五)致使被害人重伤、死亡或者造成其他严重后果的。
第二百三十七条以暴力、胁迫或者其他方法强制猥亵他人或者侮辱妇女的，处五年以下有期徒刑或者拘役。聚众或者在公共场所当众犯前款罪的，或者有其他恶劣情节的，处五年以上有期徒刑。猥亵儿童的，依照前两款的规定从重处罚。
