1、其实，在此类案件中的房屋承租人，不管其租赁房屋时是否知晓房屋为违法建筑，但根据市场经济原则，为保护、鼓励交易，物尽其用，对承租人因房屋拆迁遭受的损失应当给予适当拆迁补偿。我国《民法典》第157条亦明确规定，合同无效或者被撤销后，因该合同取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失，双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。因合同无效取得的财产，应当返还。
2、根据最高法院《房屋租赁合同解释》的第5条规定 ，房屋租赁合同无效，当事人请求参照合同约定的租金标准支付房屋占有使用费的，人民法院一般应予支持。也就是说，出租人虽然不能取得租金收益，但是有权向 承租人主张承租人使用房屋期间的占用费，具体标准可以参照合同约定的租金标准及周边房屋的租金标准。如果自建房约定的租金标准与一般房屋无异，可以参考租金标准酌情降低；如果约定的租金标准已经考虑自建房因素，较低于一般房屋约定的租金标准，也可以按照约定的租金标准执行，具体案件可以具体确定。
3、对于承租人而言，因承租的房屋系违法、违章的自建房屋导致合同无效，承租人首先有权要求出租人退还所缴纳的租金、押金、租赁保证金等合同约定的费用。当然如果合同期满或者双方在产生纠纷后及时办理了房屋交接手续，承租人支付的租金与应当向出租人支付的房屋使用费基本相当，不存在明显不公平的情形的，对双方互相主张的返还租金、支付占用费的诉求，可以一并驳回，不再处理。