一、非法持有毒品原植物幼苗罪立案标准是：非法持有罂粟种子五十克以上、罂粟幼苗五千株以上；非法持有大麻种子五十千克以上、大麻幼苗五万株以上；非法持有其他毒品原植物种子、幼苗数量较大的。
二、法律依据：《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（三）》第八条
非法买卖、运输、携带、持有未经灭活的罂粟等毒品原植物种子或者幼苗，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉：
（一）罂粟种子五十克以上、罂粟幼苗五千株以上；
（二）大麻种子五十千克以上、大麻幼苗五万株以上；
（三）其他毒品原植物种子、幼苗数量较大的。