进行拆迁的时候，如果小产权房是属于合法建筑的，获得的拆迁补偿不会比有证房屋低，如果是违法建筑的，甚至没有拆迁补偿。
《国有土地上房屋征收与补偿条例》
第二十一条　被征收人可以选择货币补偿，也可以选择房屋产权调换。
被征收人选择房屋产权调换的，市、县级人民政府应当提供用于产权调换的房屋，并与被征收人计算、结清被征收房屋价值与用于产权调换房屋价值的差价。