1、目的不同。三方协议是毕业生和用人单位关于将来就业意向的初步约定，是编制毕业生就业方案和将来双方订立劳动合同的依据。而劳动合同主要是劳动关系确立后使劳动者和用人单位的合法权益得到应有的保障。
2、适用的法律不同。三方协议的制定、发生争议后的解决主要依据是《国家关于高校毕业生就业的规定》、《民法》等，而劳动合同的订立以及发生争议后主要是依据《劳动法》来解决。《全国普通高等学校毕业生就业协议书》，简称“就业协议书”，俗称“三方协议”，是由教育部高校学生司统一制定的，各省市(自治区)教育主管部门印制的，为维护国家就业计划的严肃性，明确毕业生、用人单位、学校三方在毕业生就业工作中的权利和义务，由毕业生、用人单位、学校三方签订的协议。劳动合同，又称为劳动契约、劳动协议，是指劳动者与用人单位(管理者、雇主)之间为了确定劳动关系，明确双方权利和义务而达成的协议。