严重后果，主要是指致使火车、汽车、电车、船只、航空器等交通工具发生倾覆、毁坏，致人重伤、死亡或者使公私财产遭受重大损失。如果行为人实施危害公共安全的破坏交通工具行为，造成了交通工具倾覆、毁坏严重后果的，则应在法定刑较重的量刑档次即10年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑这一量刑档次内给犯罪行为人裁量刑罚。如果破坏交通工具危害公共安全，尚未造成严重后果即没有造成交通工具倾覆、毁坏后果的，则应在法定刑较轻的量刑档次即3年以上10年以下有期徒刑这一量刑档次内裁量刑罚。这里的尚未造成严重后果包括两种情况:一是破坏交通工具危害公共安全，没有造成任何后果的；二是破坏交通工具危害公共安全，造成了较轻的危害后果，或者虽然造成较重的危害后果，但不是严重危害后果的。当然，破坏交通工具的行为与严重后果之间应具有因果关系，如果严重后果是由其他原因而不是行为人的破坏行为引起的，也不能适用较重的量刑档次即本条第1款的规定。
在坚持以危害后果的严重程度为主要依据确定适用较重或较轻的量刑档次的基础上，还要综合考察犯罪行为人的犯罪事实、情节等，进一步选择轻重不同的刑罚，以使罪刑相适应。司法实践中，这些应予考虑的犯罪事实、情节主要有:
1、犯罪故意的内容和犯罪动机。在危害后果相同的情况下，破坏交通工具罪故意的内容和破坏交通工具犯罪行为人的犯罪动机不同，其人身危险程度也不同，因此，在量刑时应有所区别。比如:行为人出于直接故意破坏交通工具，表明行为人希望和追求危害公共安全的后果发生，其主观恶性大，量刑时应作为从重情节考虑。如果犯罪行为人出于盗窃财物目的而对交通工具实施了破坏，其主观上对交通工具的破坏出于间接故意，则应作为从轻情节考虑。犯罪动机的恶劣程度也影响刑罚的轻重。
2、犯罪后自首或有悔改、立功表现的。破坏交通工具犯罪后，行为人有自首或悔改、立功表现的，应依法或酌定从轻、减轻或者免除处罚。
3、犯罪行为人的刑事责任年龄和刑事责任能力。已满16周岁未满18周岁的未成年人实施破坏交通工具的犯罪，毕竟比成年人容易教育和改造，因此，应当从轻或者减轻处罚。如果犯罪行为人是限制刑事责任能力的人，则可以从轻或者减轻处罚。
4、犯罪方法。犯罪方法不同，给交通工具造成倾覆、毁坏的程度也不尽相同。对采用爆炸、放火等方法破坏交通工具的，在量刑幅度内可以作为从重情节考虑。
5、行为人的行为可能给社会造成的危害程度的大小。行为人对装载乘客的火车、汽车、电车、船只、飞机实施破坏的，对装载货币、抢险救灾物资、重点建设设备和重要出口商品等交通工具实施破坏的，由于其危及多人的生命安全和重大公私财产安全，甚至会造成重大国际影响，因此，在量刑时应在量刑幅度内从重处罚。如果行为人所破坏的交通工具未装载乘客或物资，则相应地给公共安全造成的危害后果亦较小，可以在量刑幅度内作为以轻情节考虑。
6、危害后果的具体情况。在以严重后果为主要依据选择较重或较轻的量刑档次后，还要具体考察危害后果的实际情况。如:在造成严重后果的情况下，量刑时还应考虑交通工具倾覆、毁坏的具体程度，公私财产毁损的具体情况，死亡或重伤的人数等。如果未造成任何后果，则应在较轻的量刑档次内从轻处罚。