(一)主体不同。前者主体只能是司法工作人员，即特殊主体;而后者为一般主体，即只要达到法定刑事责任年龄、具有刑事责任能力的人都可以构成。
(二)犯罪手段不同。前者的包庇手段，必须是利用职务之便，通过办案活动实现包庇罪犯的目的。而后者通过作假证明、帮助毁灭罪迹、隐藏或毁灭罪证等手段实现包庇行为，不要求利用职务之便进行包庇。
(三)犯罪发生的时间不同。前者的包庇行为，一般发生在判决之前。如果司法工作人员在判决生效之后，实施舞弊行为，放走罪犯使其逃脱惩罚的，则构成私放在押人员罪。而后者实施包庇行为，可以在行为人犯罪后的任何阶段实施，既可能在侦查、预审、起诉、审判阶段实施，也可能在判决之后实施。
