改制设立时的非货币性资产出资行为会涉及到增值税、营业税。企业主要资产形态可以分为有形动产、无形资产和不动产。其中：有形动产属于增值税的征收范围，而无形资产和不动产属于营业税的征收范围。
(1)当企业以整体经营性资产出资并发起设立公司时，属于转让企业全部产权，即整体转让企业资产、债权、债务及劳动力的行为。根据《国家税务总局关于转让企业全部产权不征收增值税问题的批复》(国税[2020]420号)规定：转让企业全部产权涉及的应税货物转让，不属于增值税的征税范围，不征收增值税。
(2)当企业以货物出资时，应当视同货物销售缴纳增值税。上述所指货物包括企业流动资产中的存货、固定资产中机器设备、运输工具、及其它办公物品等动产。
(3)当企业以不动产、无形资产出资时，根据《财政部、国家税务总局关于股权转让有关营业税问题的通知》(财税[2020]191号规定)规定不需要缴纳营业税。
二、企业改制的方式有哪些
各类企业的改制方式从总体上分为:整体改制和部分改制。
1、整体改制
整体改制是指以企业全部资产为基础，通过资产重组，整体改建为符合现代企业制度要求的、规范的企业。整体改制特别适合中、小型企业改制。
2、部分改制
部分改制是企业以部分资产进行重组，通过吸收其他股东的投资或转让部分股权设立新的企业，原企业继续保留。部分改制比较适合于大型企业的改制，尤其是设立股份有限公司时多采用部分改制的方式。
三、企业改制一般有内启动、外启动和内外启动相结合等方式。
1、内启动主要是吸收企业内部职工包括经营者入股，实现投资主体多元化。
2、外启动就是通过其他所有制企业整体兼并、收购或控股参股国有企业。
3、内外启动相结合则是既有一块是引进外面优势企业的，又有一块内部职工入股。
无论是内启动还是外启动，都可以根据企业的实际，进一步深化产权制度改革，形成内外部共同参股的多元投资主体企业。
