变造金融机构批准文件罪的立案标准为：
1、行为人实施了变造金融机构批准文件的行为，金融机构包括商业银行、证券交易所、期货交易所、证券公司、期货公司、保险公司等；
2、此行为侵犯了国家的金融管理制度。