1、如在立案侦查阶段，犯罪嫌疑人死亡的，应当撤销案件；如在审查起诉阶段，犯罪嫌疑人死亡的，应当作出不起诉决定；如在审理阶段，犯罪嫌疑人死亡的，被告人死亡的，应当裁定终止审理；根据已查明的案件事实和认定的证据，能够确认无罪的，应当判决宣告被告人无罪。
2、法律依据：《中华人民共和国刑事诉讼法》
第十六条　有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：
（一）情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；
（二）犯罪已过追诉时效期限的；
（三）经特赦令免除刑罚的；
（四）依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；
（五）犯罪嫌疑人、被告人死亡的；
（六）其他法律规定免予追究刑事责任的。