离婚案件第三人子女亲子鉴定需要有基本证据证明，确实有非亲生的可能，然后才可以申请，启动鉴定程序。如果对方同意配合鉴定，那通常由法院确定鉴定机构，由双方带着孩子一同去进行鉴定。