一、他项权证办理后不动产证谁持有?

当事人持有。房产的他项权是指除产权人及共有权人以外的其他团体或者个人对该房产涉及的权利，通常是指抵押权利，他项权证由他项权人持有。一般房产购买时，选择按揭贷款时，在房屋所有权证书中，会有他项权利内容记载，载明他项权利人、权利种类(如典权、抵押权等)、权利范围(他项权利的房屋范围)、权利价值(他项权利的契载价格)、权利存续期间(契载期限)、注销日期(他项权利消失的日期)，并且在他项权证书也注明这些内容。根据担保法第五十二条抵押权与其担保的债权同时存在，债权消灭的，抵押权也消灭。房产设有抵押，即他项权证未注销，该房产处置权受到限制，未经抵押权人同意不得进行合法交易，不能办理产权过户等相关手续。为此，到银行领取他项权证是很有必要的。

二、他项权证的办理流程：

1、申请人持上述有关材料，到平海路45号平海大厦办证大厅受理窗口申请办理，经办人在审核资料无误后，出具《房产交易产权登记受理单》(以下简称“受理单”)交由申请人收执;

2、申请人在受理单标注的领证日期之后携“受理单”及身份证明原件到产权缴费窗口缴费后在产权发证窗口领证。如审批未通过，另行通知。

房屋按揭贷款是指个人购买的房产具有房屋产权证、能在市场上流通交易的住房或商业用房时，自己支付一定比例首付款，其余部分以要购买的房产作为抵押，向合作机构申请的贷款。

三、他项权证办理的收费标准

1、登记费

住房，权利人按每套房屋80元交纳。

非住房，双方当事人各按抵押金额的0.5‰交纳。

2、工本费

核发一本房地产权属证书的，免收证书工本费;向一个以上权利人核发房地产所(共)有权证书时，每增加一本证书，按每本10元交纳证书工本费。

综上所述，就算办理了他项权证，这个房屋的不动产证依然是当事人持有。所谓他项权证，就是指当事人在办理贷款时，如果用自己的不动产做了抵押，那么这个不动产他项权就在发放贷款那一方的手里，主要是为了避免如果到时贷款人按期没有还清贷款，那么这个房屋就可以直接用作抵押。