商户单号的作用是：

1、各种支付交易产生的交易单号、商家单号，都是用来记录交易信息和资金流向的，一般用于银行和支付平台双方的对账依据，个人很少使用。

2、在某些特殊情况下，对个人维权或者查询交易信息有很大作用。