移动硬盘加密和不加密的区别是差一个加密软件，其他方面全是一样的。其实硬盘本身是不带加密的，所谓的内置加密就是在硬盘上装了加密软件，其实还是第三方的。

移动硬盘（英语：Mobile Hard disk）是以硬盘为存储介质，计算机之间交换大容量数据，强调便携性的存储产品，原是用于笔记本电脑的专用小型硬盘，由于其轻便、易于携带的特色，也用于不同电脑之间发送文件。移动硬盘多采用USB、IEEE1394等传输速度较快的接口，可以较高的速度与系统进行数据传输。因为物理上以标准硬盘或微硬盘作为存储介质，移动硬盘在数据的读写模式与标准IDE硬盘是相同的。