1、所指房屋大小不同

一幢：指较宽的高层建筑物。

一栋：指相对高耸的高层建筑物。

2、所表示文字的性质不同

一幢所表示文字的性质：幢是形声，从巾，童声，本义为古时作为仪仗用的一种旗帜。

一栋所表示文字的性质：栋是形声，从木，东声，本义为屋的正梁，即屋顶最高处的水平木梁。