1、编制不同：公安派出所是地方编制，边防派出所是武警编制；

2、任务不同：公安派出所的主要任务是维护社会治安，开展社会治安综合治理，边防派出所的主要任务是以反走私、反偷渡，维护边境安全和国家利益为主要任务的；

3、经费来源不同：公安派出所的经费来源只要是地方政府拨款，边防派出所的的经费来源是由国家军费列支；

4、两者身份不同：公安派出所人员是国家公务员，边防派出所人员是现役军人。