九和十二的公因数有1、3。公因数是两个或两个以上的自然数的相同因数，9的因数有1、3、9，而12的因数有1、2、3、4、6、12。所以，九和十二的公因数有1、3。

　　在两个或两个以上的自然数中，如果它们有相同的因数，那么这些因数就叫做它们的公因数，除零以外，任何两个自然数都有公因数1。