1、性质不同，净光合作用：指一段时间内植物体内发生光合作用的总量减去呼吸作用的量。总光合作用：指一段时间内植物体内发生光合作用（吸收二氧化碳）的总量。

2、有机物含量的变化不同，净光合作用：植株、叶片积累或增加的有机物(或葡萄糖、淀粉等)的量。总光合作用：植物叶绿体产生、制造、合成有机物(或葡萄糖、淀粉等)的量;植物光合作用产生、制造、合成有机物(或葡萄糖)的量。

3、计算方法不同，净光合作用：净光合作用=总光合作用－呼吸作用。总光合作用：总光合速率=净光合速率+呼吸速率。