3和9的最大公因数是3。最大公因数指的是两个或多个整数的共有约数中最大的一个，3的约数有1、3，而9的约数有1、3、9。所以，3和9的最大公约数是3。

　　最大公约数，也称为最大公因数，指两个或多个整数共有约数中最大的一个，与最大公约数相对应的概念是最小公倍数。