由于流行性乙型脑炎急性期过去后，大脑的某些部位尚存在充血、水肿等变化，以及神经系统的某些部位发生变性或坏死，因此极易留下后遗症状。乙脑较为常见的后遗症可有下列数种。

瘫痪

以肢体瘫痪最为常见，其病变部位多在锥体束经过的各种部位中，主要的表现为上运动神经元受损所致的强直性瘫痪。常会伴有同侧的中枢性面瘫，但脊髓灰质部(前角)的病变也经常存在，故也可见到弛缓性瘫痪。

语言障碍

有失语、失音、口吃等，儿童出现此类症状较为多见，一般多可在半年以内恢复。

精神异常

为器质性精神病，主要为炎症之后神经细胞的变性坏死而致皮质萎缩引起，尤其以额叶发生病变时更为明显。多表现有强迫观念，抑郁症及精神分裂症，一般儿童痛成人相比较少出现此类症状，恢复时间及恢复过程，大致与瘫痪相同。

癫痫

皮质运动区或其他部位，在炎症之后形成瘢痕，故可有刺激性而产生癫痫。发病多在病后数月，以1—5岁儿童较为多见。

智力减退

为大脑皮质广泛受损而引起，可表现为完全性痴呆，一般多为呆笨、记忆力差、理解力不佳、读书成绩不好等。

头痛

常有位置不定，不太剧烈而经常发作的头痛症状，无晕眩及恶心呕吐，可能为炎症后脑膜发生部分粘连而致。

其他症状表现

对环境了解，但无法到达目的地，如外出后不能白己回家，可能为顶叶病变所致。亦有出现视力或听力障碍、肢体发麻等症状。