后世关于他的死有很大的争议，众说纷纭难以下定论：

1、有流传说皇帝在出家的时候，死于五台山。

2、根据大多数的书中记载，皇帝是得了天花。

3、近年来由于一本《延平王起义实录》被挖掘，据书中所说，他被郑成功用炮在厦门地区击毙了。

4、所有的说法都不是凭空而来的，想要断定皇帝的真实死因，还需要进一步的研究。