焦山行宫是清乾隆皇帝南巡时下榻最多的地方。据《焦山志》载,乾隆皇帝十分喜爱焦山的山水。他六下江南八上焦山五次入住焦山,并留下大量的诗词楹联匾额。"金山似谢安,丝管春风醉华屋。焦山似曦之,偃卧东床坦其腹……若以本色论山水,我意在此不在彼。"就是乾隆皇帝对焦山真山水的高度评价。
据史书记载,焦山行宫于乾隆二十六年(1761年)建成,有焦山行宫、东行宫、上行宫三个部分,因战火先后被毁,现焦山行宫是在自然庵和五圣庵旧址上改建而成,为典型的江南小庭院,有船亭、北极阁、黄叶楼、梅花楼、画禅山房、文殊阁、梦焦山仙馆、观澜阁等建筑,空间布局独特,层次富于变化,呈典型的江南民居式建筑群。植物配置均采用传统的配置艺术手法,以松、竹、梅构成"岁寒三友"景观,以桂花、玉兰、海棠、迎春形成"金玉满堂"景观,面积不过二千平方米,却有竹园、桂林,布置得十分紧凑、典雅。