南京博物院镇院之宝一共有18件，会定期进行更换展出，目前在展出的镇院之宝主要在历史馆和特展馆。

　　历史馆有广陵王玺金印、透雕人鸟兽玉饰件、人面兽面组合纹玉琮、错银铜牛灯、竹林七贤与荣启期砖画、青釉神兽瓷尊，特展馆有金立佛像等。特展馆二楼的镇院之宝展厅会定期展出一件镇院之宝。

（图源：南京博物院）

（图源：南京博物院）

　　“一院六馆”是南京博物院根据文物藏品的特点。

　　历史馆展示江苏古代文明历程；

　　艺术馆按照艺术品的质地分类，长年展陈馆藏精品；

　　特展馆重点展示引进的国内外展览和馆藏珍品主题展；

　　非遗馆以动态的方式展示江苏省被列入国家级非物质文化遗产名录的项目；

　　民国馆重点展示民国首都风土人情；

　　数字馆以网络参观和现场体验相结合的方式，带给观众全新的古代文明体验。