1、脂肪含量不同。黑芝麻为46.1克/100克，是白芝麻的1.17倍。这两种芝麻中多为不饱和脂肪酸和卵磷脂，其中亚油酸、棕榈酸、花生酸等高达60%以上，有助预防动脉硬化，防止心脑血管疾病。

2、不溶性膳食纤维含量不同。黑芝麻为14克/100克，是白芝麻的1.43倍。长期服用黑芝麻，可促进胃肠道蠕动。另外不溶性膳食纤维在大肠中可吸收水分软化大便，有防治便秘的作用。

3、维生素E含量不同。黑芝麻含量高达50.4毫克/100克，是白芝麻的1.33倍。黑芝麻能预防慢性病和机体过早衰老，历来被视为延年益寿的佳品。

4、矿物质含量不同。黑芝麻中的钙高达780毫克/100克，为白芝麻的1.26倍；黑芝麻中的钙磷比值为1.5:1，钙镁比值2.6:1，有利于人体对钙质的吸收利用，对于防治高血压、失眠、经前期综合征、腿抽筋等钙缺乏症有一定的疗效。黑芝麻中的锰含量是白芝麻的15倍。可防止更年期女性钙质的大量流失，帮助防治骨质疏松症，还可益脑，增强记忆力，对阿尔兹海默症有一定疗效。黑芝麻含钾358毫克/100克，钠仅为8.3毫克，是高钾低钠食物，高血压、高脂血症等人群可常吃。

5、天然色素含量不同。跟白芝麻相比，黑芝麻还富含天然色素花青素，这种活性物质具有很强的抗氧化作用，有助消灭人体内的自由基，保护心血管。但这种色素易溶于水，因此，黑芝麻烹调时掉色是正常现象。