南京增值税电子专用发票无法勾选的主要原因有以下几点：

　　1.若开具的是跨省增值税电子专用发票，请购方1小时以后在增值税综合服务平台进行勾选抵扣操作;

　　2.在增值税综合服务平台中查看该张电子专用发票状态是否已被红冲，若是被红冲状态，平台不允许进行勾选操作。

　　拓展阅读：受票方收到电子专票后，应如何查验其发票真伪?

　　电子专票采用可靠的电子签名代替原发票专用章，采用经过税务数字证书签名的电子发票监制章代替原发票监制章，更好适应了发票电子化改革的需要。

　　纳税人可以通过全国增值税发票查验平台(https://inv-veri.chinatax.gov.cn)下载增值税电子发票版式文件阅读器，查阅电子专票并验证电子签名以及电子发票监制章有效性。