南京灵活就业人员社保补缴方式有三种：

　　线上缴费

　　灵活就业人员可通过税务部门提供的“我的南京”APP“城乡居民和灵活就业人员社保缴费”模块、支付宝“江苏税务社保缴纳”小程序、微信“江苏税务社保缴纳”小程序、“江苏税务”APP“社保缴费”模块、“江苏政务服务”APP“江苏税务社保缴费”模块等线上渠道进行养老保险选档缴费和医疗保险、失业保险缴费。

　　通过线上渠道变更养老保险缴费档次的需同步进行缴费，否则变更无效。

　　经办银行柜面缴费

　　灵活就业人员携带本人有效身份证件，可在全市中国建设银行、中国农业银行、中国工商银行、中国邮政储蓄银行、南京银行、中国银行、溧水农商行各营业网点的柜面办理养老保险选档缴费和医疗保险、失业保险缴费。

　　委托银行扣款缴费

　　灵活就业人员可选择与中国建设银行、中国农业银行、中国工商银行、中国邮政储蓄银行、南京银行、中国银行、溧水农商行的任一银行，签订委托扣款协议，委托银行按月进行扣款缴费。