南京市秦淮区开设发热门诊的医疗结构名单如下：
| 序号 | 机构名称 | 地址 | 医疗结构级别 | 办公电话 |
| 1 | 江苏省中医院 | 南京市秦淮区汉中路155号 | 三级 | 86617141-70008 |
| 2 | 南京市第一医院 | 南京市秦淮区长乐路68号 | 三级 | 52271105 |
| 3 | 南京市妇幼保健院 | 南京市莫愁路天妃巷123号 | 三级 | 52226296 |
| 4 | 南京市中医院 | 南京市秦淮区大明路157号 | 三级 | 18951755092 |
| 5 | 中国人民解放军东部战区空军医院 | 南京市秦淮区马路街1号 | 三级 | 80865615 |
| 6 | 中国人民解放军东部战区总医院秦淮医疗区 | 南京市秦淮区杨公井34标34号 | 三级 | 80864121 |
