HPV疫苗接种后的不良反应通常比较轻微并可自愈，严重不良反应非常罕见。最主要的副作用为接种后局部疼痛、发热、红肿等，但多在数日后自行消失，其他有如头晕、恶心、眩晕、肌肉无力等。

　　目前全球范围内已使用了超过2亿支四价和（或）二价HPV疫苗，大量监测数据证明了疫苗的安全性。2017年5月WHO更新的立场文件认为三种已经全球上市的二价、四价和九价HPV疫苗均具有良好的安全性和有效性。