主体不同，非法行医罪的主体是不具有医师执业资格的人，而医疗事故罪的主体是医务人员。主观方面不同，非法行医罪行为人对造成就诊人死亡或严重损害所持的心理态度，既可以是过失，也可以是间接故意，而医疗事故罪只能是过失。客观方面不同，非法行医罪造成就诊人死亡的，而医疗事故罪则仅限于责任过失，技术过失不构成犯罪。

法律依据：《中华人民共和国刑法》第三百三十五条 医务人员由于严重不负责任，造成就诊人死亡或者严重损害就诊人身体健康的，处三年以下有期徒刑或者拘役。

第三百三十六条 未取得医生执业资格的人非法行医，情节严重的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金；严重损害就诊人身体健康的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；造成就诊人死亡的，处十年以上有期徒刑，并处罚金。未取得医生执业资格的人擅自为他人进行节育复通手术、假节育手术、终止妊娠手术或者摘取宫内节育器，情节严重的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金；严重损害就诊人身体健康的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；造成就诊人死亡的，处十年以上有期徒刑，并处罚金。