扣分。根据最新修订的《机动车驾驶证申领和使用规定》，闯红灯，记6分，罚100元。公安部最新修订发布《机动车驾驶证申领和使用规定》，违反道路交通信号灯通行为违法记分由3分提高到6分。因此，非机动车闯红灯要被扣除6分。

法律依据：《中华人民共和国道路交通安全法》

第八十九条 行人、乘车人、非机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，处警告或者5元以上50元以下罚款机动车驾驶人拒绝接受罚款处罚的，可以扣留其非机动车。

第一百一十九条 第三项 “非机动车”是指以人力或者畜力驱动，上道路行驶的交通工具，以及虽有动力装置驱动但设计最高时速、空车质量、外形尺寸符合有关国家标准的残疾人机动轮椅车、电动自行车等交通工具。