高速车辆故障扣分可以申诉的，但停车时需要根据《中华人民共和国道路交通安全法》第五十二条、第六十八条规定的，开启闪光灯与设置警告标志，必要时迅速报警处理。机动车在高速公路上发生故障或者交通事故，无法正常行驶的，应当由救援车、清障车拖曳、牵引。如果只是单纯停车，没有做任何警示，则只能认定为违章停。

法律依据：《中华人民共和国道路交通安全法》

第五十二条 机动车在道路上发生故障，需要停车排除故障时，驾驶人应当立即开启危险报警闪光灯，将机动车移至不妨碍交通的地方停放;难以移动的，应当持续开启危险报警闪光灯，并在来车方向设置警告标志等措施扩大示警距离，必要时迅速报警。

第六十八条 机动车在高速公路上发生故障时，应当依照本法第五十二条的有关规定办理;但是，警告标志应当设置在故障车来车方向一百五十米以外，车上人员应当迅速转移到右侧路肩上或者应急车道内，并且迅速报警。机动车在高速公路上发生故障或者交通事故，无法正常行驶的，应当由救援车、清障车拖曳、牵引。