这种情况是不会扣分的。根据我国相关法律规定：黄灯亮时，已经越过停止线的车辆可以通行，黄灯过线后变红灯，那么这种情况并不算违规，可以直接向前行驶，这种更是不会扣分的，如果停止前进，在原地等待，也不算违规。

法律依据：《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》 第三十八条 机动车信号灯和非机动车信号灯表示：(一)绿灯亮时，准许车辆通行，但转弯的车辆不得妨碍被放行的直行车辆、行人通行;(二)黄灯亮时，已越过停止线的车辆可以继续通行;(三)红灯亮时，禁止车辆通行。在未设置非机动车信号灯和人行横道信号灯的路口，非机动车和行人应当按照机动车信号灯的表示通行。红灯亮时，右转弯的车辆在不妨碍被放行的车辆、行人通行的情况下，可以通行。