办理食品公司注册的流程如下：

1、准备公司名称到工商局核名；

2、到刻章厂刻章一套分为公章、财务章、法人章、合同章；

3、工商局办理营业执照；

4、到公司所在地的质量技术监督局办理公司组织机构代码证；

5、国税局办证处办理国税证；

6、地税局办证处办理地税；

7、公司的会计准备材料国地税务分局办理公司备案跟报税等事项。