边境牧羊犬眼睛的颜色有褐色、蓝色、一只眼睛蓝色一只眼睛褐色三种。但是边牧眼睛的颜色主要以褐色为主，少量的蓝色，而一蓝一褐的边牧视为失格。品相好的边境牧羊犬的眼睛要为中等大小的椭圆形，且颜色为褐色或蓝色，目光要温和、敏锐。