南通有两个长途汽车站，分别是：南通汽车站和南通汽车客运东站。

1、南通汽车站

位于南通市崇川区人民西路350号(南通汽车客运站)。隶属于南通汽运实业集团公司，是交通部核定的“一级汽车客运站”和部级“文明车站”，也是南通地区最大的公路客运枢纽。占地面积约3.6万平方米，另有平潮、狼山站以及客运东站三个下属站分布于南通主城区的西部、南部和北部。

2、南通汽车客运东站

南通汽车客运东站项目位于南通城区东侧，征地140亩。南通汽车客运东站按一级站标准设计，日旅客发送量可达2.2万人次，售票厅建筑面积1500平方米、候车厅建筑面积4000平方米，建成后将有效分流进出城的客运人流。