1、科属不同：番鸭是鸭科栖鸭属疣鼻栖鸭的驯化种，传入中国称为“番鸭”；而家鸭则是鸭科鸭属绿头鸭的后代，也有部分斑嘴鸭的血统。

2、外观不同：番鸭体型大于鸭而小于鹅，体型前尖后窄，尾部瘦长；而家鸭的臀部肥大，以至于走路都颤颤巍巍，整个身体更接近船形。番鸭的眼圈周围和嘴的基部有红色或黑色的肉瘤，雄性尤为发达，这是区别于家鸭的最显著特征。

3、习性不同：番鸭和鸭子一样能游水，但并不特别喜欢下水，故又有“旱鸭子”之称；另家鸭在驯化过程中不知道什么原因，忘记孵卵技能，过去鸭蛋通常由鸡、鹅代孵，而番鸭会孵卵。